Първият национален флаг на Перу е създаден през 1820 г., когато Хосе де Сан Мартин пристига със своята армия на Андите от Аржентина и Чили. Перуанският флаг, който той проектира, комбинира червеното и бялото цветове, каза, че е избран, тъй като Сан Мартин видял стадо фламинго да се крие при пристигането си. Формата на знамето беше необичайна - диагонално разделение, образуващо два бели и два червени триъгълника с герб в центъра. Когато местните партизани за независимост се установяват, на 15 март 1822 г. е прието друго знаме. Приликата на това знаме (равни червено-бяло-червени хоризонтални ивици с червено слънце, традиционната емблема на империята на инките, в центъра) на това на Испания предизвика объркване и скоро беше променен (31 май) на знаме с вертикални ивици, но слънчевата емблема остана в центъра.

Викторина Южна Америка: Факт или измислица? Голяма част от западното крайбрежие на Южна Америка е много сухо.

На 25 февруари 1825 г. е създаден сега използваният дизайн. Червено-бяло-червените вертикални ивици от предишния флаг бяха запазени, но слънцето беше заменено от нов герб. Неговият щит е рамкиран от един венец (от палмови и лаврови клони) и преодолян от друг. Щитът е разделен на три части с фигури, символизиращи националната гордост и богатство. Vicuña, свободно роуминг камлид, тясно свързан с лама и алпака, е представен през първата четвърт; в допълнение към представянето на богатствата на перуанската фауна, тя означава свобода, национална гордост и героизъм. Второто тримесечие има дърво от цикона, кората на което се използва за производството на хинин. И накрая, долната половина на щита показва рог на изобилието, от който се разливат златни и сребърни монети, символизиращи минералното богатство на нацията. В допълнение,се казва, че бялата ивица на знамето представлява чистота, а червеното припомня кръвта на патриоти. Както и в редица други страни, гражданският флаг, плаващ от частни граждани, показва само ивиците, като гербът е запазен за знамена, служещи за официални (т.е. правителствени) цели.